Под давлением конкуренции со стандартбредной породой и её помесями изменялась и структура породы, особенно в кризисные 1990-е годы, когда с распадом СССР в России осталось только 12 заводов, разводязих орловского рысака, линейная структура породы стала далекой от нормальной структуры, обеспечивающей гетерозиготность в породе, приводящей к постоянным вынужденным инбридингам.
Как следствие давления ипподромов три самые скороспелые по резвости линии Пиона, Болтика и Пилота стали самыми распространенными в породе к началу XXI века. Длительное преобладание производителей этих линий в породе привело к тому, что в маточном составе представители линии Отбоя, Пилота и Болтика также составляют более половины всего поголовья, особенно в конных заводах. Таким образом, генофонд породы очень сузился, и это очень опасно для её судьбы.
По данным на 2016 г. в породе существуют следующие линии (расположены в порядке уменьшения количества жеребцов):
1 - Пилота (24 жеребца, на данный момент в связи с гибелью Плавника - 23)
2 - Пиона (22 жеребца, на данный момент в связи с гибелью Дротика и Лакея - 20)
3 - Болтика (10 жеребцов)
4 - Барчука (9 жеребцов)
5 - Воина (9 жеребцов)
6 - Отбоя (7 жеребцов)
7 - Исполнительного (4 жеребца)
8 - Ветра (2 жеребца)
9 - Успеха (2 жеребца)
10 - Пролива (1 жеребец)
По линиям Корешка и Вельбота в каталоге нет упоминаний, однако производители - представители этих линий ещё имеются.
Таким образом, в породе только три линии: Пиона, Пилота и Болтика - представлены относительно достаточным количеством жеребцов. Остальные представлены таким количеством производителей, что любая случайность может привести к их исчезновению.
Хотя из истории породы известно, что и отдельные, оставшиеся от старых линий жеребцы создавали линии, но для этого нужна скрупулезная племенная работа с широким использованием производителей.
Источники: книга Г.А. Рождественской "Орловский рысак", изд. "Аквариум", 2003 г. и Каталог жеребцов-производителей орловской рысистой породы на 2016 - 2017 годы
P.S. Эти данные неполные, поэтому в тему по каждой линии мы будем вносить информацию по действующим жеребцам-производителям.